Sekvenace

Genetický kód

• Není zcela univerzální - jiné kodony například v mitochondriích

  • Ale jen malé rozdíly

    Introny, exony

• Splicing

  Sanger

• ...

• Mikroorganismy - postupná sekvenace - sekvenace dílu umožní navrhnout primer pro následující úsek

• vs stochasticky = shotgun - rozdělení na náhodné díly + poskládání výsledků

  whole genome

• Dnes mnoho organismů osekvenovaných

• hgp

1. Mapa chromozomů - fISH, metoda radiačních hybridů = náhodně naštěpená lidská DNA se vloží do křeččí dna - sledují se jednotlivé buňky - pokud jsou úseky dva známé úseky blízko, je vysoká pravděpodobnost, že budou ve stejné buňce
2. Rozdělení genomu
3. Shotgun
4. -> přiřazení chromozomům

Pyrosequencing

• Dna na pevné fázi -> polymeráza produkuje PPi
• DNA Sulfuryláza -> PPi -> ATP -> detekce
• 454 library generation
  • fragmentace dna - primery sedají
  • emulze - malé micely cca 1 fragment + kulička
  • pcr -> amplifikace na kuličce
  • kuličky do jamek – pyroseq

Ilumina sekvenace

• Fragmentace dna - vazba adaptorů

• Clustery -> pcr -> sekvenování

  • fluorescence
  • solexa seq- reversible terminator

    • 3` zablokovaný značený nukleotid --> změření fluorescence --> odblokování >...

      Nanopore sequencing

• Malý pór v membráně - průchod dna - na elektrodě mění odpor - jinak u každé báze

Genom - ...

• Transposomy - LINE SINE, retroviral-like elements, endogenní retroviry
  • xenotransplantace - dříve obavy z hybridizace endogenních retrovirů
• Polymorfismus
  • Většina rozdílů mezi jednotlivci - SNP na určitých místech
• člověk vs šimpanz
  • 1,5 % genomu jiná
  • > více rozdílů na úrovni proteinů, regulačních prvků
  • hodně insercí a delecí
• vznik současného H sapiens
  • 100 k let cca

Genetické choroby -